پذیرش در مقطع دکتری تخصصی رشتههای علوم پزشکی دانشگاه آزاد در سال ۱۳۹۶ بر اساس مجموع نمرات آزمون کتبی، سوابق آموزشی، پژوهشی و فناوری و مصاحبه علمی صورت خواهد گرفت.
همچنین در مقاطع دکتری تخصصی و دکتری پژوهشی بر اساس دو آزمون کتبی و بررسی سوابق تحصیلی انجام می پذیرد که نمره آزمون کتبی، سوابق آموزشی، پژوهشی و فناوری، مصاحبه علمی و نیز تهیه طرحواره در پذیرش به شرح زیر است:
شیوه پذیرش آزمون کتبی سوابق آموزشی، پژوهشی و فناوری مصاحبه علمی تهیه طرح واره
| شیوه پذیرش | آزمون کتبی | سوابق آموزشی، پژوهشی و فناوری | مصاحبه علمی | تهیه طرح واره |
| دکتری تخصصی | ۵۰درصد | ۲۰درصد | ۳۰درصد | - |
| دکتری پژوهشی | ۳۰درصد | ۲۰درصد | ۳۰درصد | ۲۰درصد |
بر اساس قانون «سنجش و پذیرش دانشجو در دوره های تحصیلات تکمیلی در دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی کشور» مصوب ۱۸ اسفند ۹۴ مجلس شورای اسلامی و مصوبات «شورای سنجش و پذیرش دانشجو در دوره های تحصیلات تکمیلی»، برگزاری آزمونهای متمرکز زیر نظر هریک از وزارتین و از طریق سازمان سنجش آموزش کشور و مرکز سنجش آموزش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی برگزار میشود. بنابراین پذیرش در دوره های روزانه و شهریه پرداز دانشگاه های علوم پزشکی، دانشگاه آزاد اسلامی و بورس تحصیلی برای رشته های اخلاق پزشکی و آموزش پزشکی از طریق آزمون دکتری وزارت بهداشت صورت می گیرد.