دوره دکتری نوبت دوم یا همان شبانه دارای شهریه ای معادل دانشگاه بین الملل یامازاد است.
دانشجویان دوره نوبت دوم (شبانه)، واحدهای درسی یکسان با دوره روزانه پشت سر می‌گذارنند و گاهی اوقات حتی برگزاری کلاس‌ها نیز به صورت مشترک با سایر دوره‌ها از جمله دوره روزانه است. بنابراین برخلاف اسم دوره، برگزاری کلاس‌ها مطابق معمول در طول روز برگزار می‌شود.
همچنین کلیه ضوابط آموزشی مقطع دکتری تخصصی شامل حداقل نمره قبولی، برگزاری آزمون جامع دکتری، گذراندن رساله دکتری و ... برای دوره شبانه همانند دوره روزانه است.
هزینه تحصیل در این دوره در رشته‌های مختلف متفاوت است. به عنوان مثال شهریه دکتری شبانه دانشگاه تهران ورودی‌های سال ۹۵، برای رشته‌های علوم انسانی مجموعاً ۵۴میلیون و ۴۵۰هزار تومان و سایر رشته‌ها ۶۶میلیون و ۵۵۰هزار تومان اعلام شده بود.
همچنین شهریه تحصیل در دوره نوبت دوم مقطع دکتری در دانشگاه‌های مختلف متفاوت است. به عنوان مثال شهریه تحصیل در دوره دکتری شبانه برای ورودی‌های سال ۱۳۹۵ دانشگاه تهران در رشته‌های علوم انسانی، مجموعاً ۵۴میلیون و ۴۵۰هزار تومان و برای دانشگاه امام خمینی قزوین ۵۶میلیون و ۷۶۰هزار تومان اعلام شده بود.
گفتنی است به دانشجویان این دوره عموماً برخی تسهیلات از جمله وام ویژه دکتری، خوابگاه‌های دانشجویی و موارد مشابه تعلق نمی‌گیرد.